肛窦炎一般是很难自愈。
肛窦炎主要是由于经常便秘或反复腹泻粪便感染肛隐窝部位引起的炎症。症状不严重的肛窦炎，可以通过服用抗生素药物抗感染治疗。肛门内塞清热解毒、消炎的药栓，配合中药坐浴，一般可以改善症状。但比较严重的肛窦炎，已经形成脓肿或伴有肛乳头肥大的，单纯用药得不到缓解，则需要做手术的方式才能够治愈。
术后要注意肛周的清洁干燥，避免吃辛辣、刺激性的食物，多食用膳食纤维丰富的蔬菜、水果，促进大便的软化通畅，防止出现便秘，导致肛窦炎出现复发。