上呼吸道感染和扁桃体炎的区别有以下几点。
上呼吸道感染是总称，它包括多种疾病。扁桃体炎是上呼吸道感染其中一种类型，它属于上呼吸道感染。上呼吸道感染除了扁桃体炎之外，还可包括急性上呼吸道感染，即感冒、鼻炎、鼻窦炎、咽喉炎等情况。
另外，两者在感染致病原上也有一定的区别。上呼吸道感染可以由病毒、细菌、真菌等感染引起，扁桃体炎多是由细菌感染引起 。因病原微生物的不同，决定了其治疗方案上也有一定的区别。扁桃体炎需要使用抗生素抗炎、配合退热等对症处理。上呼吸道感染因不同疾病，使其治疗方案也不同。
故上呼吸道感染和扁桃体炎有着包含的关系，但又要予以相应的区别。