肺结核的治疗重点在于抗结核治疗，根据肺结核的治疗原则，以早期、联合、适量、规律、全程的抗结核药物治疗，根据结核的类型以及有无耐药的结核分支杆菌存在的情况，予以适当的、敏感的抗结核药物处理。
对于怀疑有耐药的结核杆菌存在时，还要根据其痰培养的结果选择敏感的结核药物治疗，通常是予以利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺按照9个月的抗结核药物治疗期间，以强化期和巩固期的治疗方案进行抗结核药物治疗，此时强调全程的抗结核药物。
对于复治的或存在有耐药的结核杆菌存在时，此时抗结核治疗时间通常需要明显延长，部分患者需要一年到两年左右时间，在抗结核药物治疗期间要加强对症处理，例如止咳、止血等治疗，加强营养的支持处理。