肺结核的治疗疗程应该个体化制定，其疗程与肺结核严重程度，是初治还是复治的肺结核，是否有耐药结核杆菌存在等因素有关。故肺结核的疗程也是不一样，长短不一。但对于肺结核一定要予以足疗程的抗结核药物治疗，才能避免其病情反复或复发。
对于初治非耐药的肺结核或结核性胸膜炎，需要6~9个月的抗痨疗程，其疾病才能痊愈。但对于复治的肺结核或者存在耐药的肺结核，其疗程通常需要一年到一年半左右的时间。
对于泛耐药的肺结核，其抗结核治疗起来相当困难得多，需要根据其痰培养的药敏试验，选择敏感的足疗程抗结核药物治疗。此类患者可能需要两年左右，甚至更长的时间，还要视其治疗效果而定。