在临床上，通过核磁共振检查能够查出一部分的鼻咽癌。
做鼻咽部的核磁共振检查能够比CT更加清楚得显示肿瘤的部位、浸润范围和转移淋巴结的情况，并且能够显示肿瘤与周围组织的关系，这对于鼻咽癌的分期是非常重要的。在核磁共振检查发现了鼻咽部位有占位性病变之后，可以进一步地通过鼻咽镜的检查取得病变的组织，做病理学检查明确是不是鼻咽癌的诊断。
另外，在确诊了鼻咽癌之后，进行放疗之前，也常常需要进行磁共振的检查。核磁共振对于确定肿瘤的界限比CT更加清楚和准确，这对于放射治疗的照射野的定位是非常有帮助的，而且磁共振检查可以帮助了解放疗之后的脑损伤情况。