军团菌肺炎最严重的危害是危及生命，造成死亡。
军团菌肺炎患者发病后，常可出现周身乏力、高热、头痛、肌肉疼痛、食欲不振以及部分呼吸道症状，部分患者可出现胸痛、咯血、呼吸困难的表现。可影响患者的心肺功能，同时出现肝功能的损害、肾功能的损害，机体电解质平衡被破坏。预后不良者可出现肺空洞、肺脓肿、免疫缺陷等情况，严重者病情进展迅速，最终造成患者的死亡。
军团菌肺炎的致死率在其他肺炎中相对比较高，是高致死率疾病的一种。