对于肾皮质髓质囊肿的病因主要是两方面：
一是感染身体的细菌毒力较强。
二是患者本身的自身抵抗能力和免疫能力下降，比如患者本身有长期多年的糖尿病未得到良好的控制，如果皮肤存在破口，那么外界的细菌会通过患者的伤口进入到全身血液循环从而播散到肾皮质，那么进入到肾皮质髓质当中定植形成脓肿，如果细菌毒力较强，免疫力较低，那么脓肿就会越来越大。因此，患者必须及时去泌尿外科进行就诊，一旦确诊脓肿形成之后，必须进行敏感有效的抗生素对症治疗，同时需要积极寻找原发病因，如果存在原发疾病，也需要同时良好的控制才有助于恢复。