对于肾皮质髓质脓肿的患者预防主要是从两方面：
一是进行必要的抗生素治疗，从而防止小的脓肿进一步扩大。
二是对于病因进行预防，因为此类患者主要是由于自身抵抗和免疫能力低下，比如患者有长期的糖尿病未进行有效的控制以及具有结核、艾滋感染，那么都会导致患者免疫能力低下，因此需要对原发疾病进行积极的治疗，如果患者存在严重的糖尿病，需要去内分泌科进行就诊，将血糖进行严格的控制，否则，外界细菌通过破溃感染的皮肤或者呼吸道进入到全身循环，那么容易在肾皮质髓质导致患者肾脓肿的形成。
因此预防主要是从两方面着手，对于患者还需要加强营养，从而提高自身的免疫能力和抵抗能力，在有效敏感抗生素使用的情况下，才可以尽快恢复。