包皮过长可能会造成阴茎短小。因为包皮过长可能会引起生殖系统的感染，如龟头炎、尿道炎、前列腺炎等，从而影响阴茎的发育，造成阴茎短小的情况。
但是阴茎短小主要是因为体内激素缺乏，导致阴茎发育受到影响而出现，常见于促性腺激素分泌不足、睾丸的缺如，比如隐睾、先天性睾丸发育不全，也有一些患者因肥胖导致腹壁脂肪层较多。虽然阴茎发育正常，但在外观上则表现为阴茎比较短小，这通常称之为隐匿性阴茎。
如果包皮过长，影响了正常的性生活，建议去医院将包皮割除，通常采用的手术方式为包皮环切手术治疗。