肠瘘患者经积极的治疗大多数都能治愈。以前肠瘘的死亡率还是比较高的，据统计二十世纪五六十年代肠瘘的死亡率高达40%以上，目前由于治疗策略的改进，重视肠外营养的支持以及整体情况和有效的抗感染，肠瘘的死亡率已下降至5%~20%。
肠瘘的死亡原因主要包括急性期水电解质和酸碱平衡紊乱，严重的感染以及营养不良。
目前大多数肠瘘经积极的抗感染等保守治疗，或者手术治疗均能够彻底治愈。