药物治疗肝炎有副作用。药物治疗肝炎绝大部分是保肝护肝药，这类药物在保护肝脏的同时，绝大部分也要通过肝脏去代谢。所以，过多保肝降酶药会加重肝脏的代谢负担，有可能会引起肝脏转氨酶进一步升高。通常一般选用1~2种护肝降酶药比较适合。
其次，在护肝降酶药中，甘草酸制剂具有类似激素的作用，不可在短时间内停药，否则会引起乏力、水肿和肝功能反跳等副作用。而多烯磷脂酰胆碱这类护肝药，有可能会引起消化道腹胀、胃纳下降等副作用。
总之，护肝药在治疗肝炎的过程中，既能够保护肝脏又会产生各自不同的副作用，需要辨证去看待药物以及合理使用药物。