脂肪肝长期服药有以下副作用。脂肪肝长期服药往往是伴有脂肪性肝炎，所以大部分的药物都是护肝降酶药。
目前比较有明显副作用，护肝降酶药是甘草酸制剂。这一类药物具有类似激素样的作用，长期服用有可能会引起肢体水肿，尤其是双下肢水肿的情况比较常见。而且长期服用后机体，会对其产生适应性和依赖性，不能立刻停药。如果立刻短时间内迅速停药，会引起激素类作用的反跳现象，导致机体出现乏力、食欲下降、恶心等症状。
其他的护肝降酶药长期服用，并没有太明显的副作用。但是脂肪肝的药物，也不用多种药物同时服用。因为护肝药最终还是要通过肝脏来代谢，服用多个护肝药，反而会加重肝脏的负担，这也是长期服用护肝药的一种副作用。