小儿肛瘘也必须通过手术治疗才能完全治愈。以前的理论认为，小儿肛瘘大多不需要行手术治疗就可以自愈，或者由于小儿肛门发育未完善，小儿肛瘘最好能够等到6周岁以后再行手术治疗，但其实这两种观点都是错误的。
首先，据临床统计小儿肛瘘和成人肛瘘差不多，不经手术治疗并不能自愈。
其次，小儿肛瘘只要一经明确诊断，年龄6个月以上就应及时进行手术治疗，因为肛瘘会出现反复的感染，如果不及时手术治疗，出现肛门周围斑痕组织增生，反而会影响小儿肛门的功能。