斑疹伤寒的病原体是立克次体，用于立克次体诊断的方法有很多种，最常用的是外斐试验，原理是某些立克次体与变形杆菌的抗原有部分相同，所以患者血清对有关变形杆菌可以产生凝集反应。
取患者两份或者是三份血清标本，滴度效价在1：160以上者为阳性，有四倍以上增长者更有诊断意义。外斐试验操作简便，但特异性比较差。
特异性与敏感性较好的血清学诊断方法有ELISA实验、固相放射免疫测定，以及间接血凝试验等特异性的检测IgM和IgG抗体，可以鉴别流行性斑疹伤寒和地方性斑疹伤寒。