早上起来呼吸不畅，若同时伴有气短、胸闷、咳嗽、咳痰，甚至呼吸困难，主要是呼吸系统疾病引起，比如慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张、支气管哮喘、慢性支气管炎等。需要及时完善胸片CT等相关检查，并给予止咳平喘、解痉抗感染药物治疗。
如果是肥胖的老年患者，本身存在高脂血症、糖尿病、高血压、冠心病等，而且有长期吸烟史，出现这种情况考虑与心功能不全有关。需要进一步检查心电图、心脏彩超等，并视情况给予利尿、强心、扩血管处理。
除了上述器质性病变以外，如果整晚在空气不流通的狭小空间内睡觉，也有可能会引发缺氧，所以早上起床后会有呼吸不畅的表现。