恶性支气管腺瘤指的是能够浸润气管周围肺组织，可以通过淋巴结及血行转移至身体其它部位的支气管腺瘤。对于恶性支气管腺瘤的治疗方法如下：
首先，对于尚未发生远处转移的恶性支气管腺瘤，应在明确诊断后进行手术治疗，彻底切除肿瘤。其中发生在肺叶支气管的肿瘤，通常行肺叶切除术；发生在主支气管或气管的肿瘤，可以选择做气管或支气管袖式切除术。
对于彻底根治非常困难的支气管腺瘤，可以在肿瘤部分切除后，辅助以放疗也可以获得较好的效果。
高度恶性的肿瘤，需要同肺癌一样行根治术。全身情况较差，不能耐受手术或已有转移的患者可选择放射治疗和药物治疗。