肺血栓栓塞症的潜伏期目前没有确切的数据，可以为数日前有胸部不适症状，也可以马上发生。因为肺血栓栓塞可以从无症状、隐匿，到血流动力学不稳定，甚或发生猝死。
常见症状有:①不明原因的呼吸困难及气促，尤以活动后明显，为肺血栓栓塞最多见的症状;②胸痛，包括胸膜炎性胸痛或心绞痛样疼痛;③晕厥，可为肺血栓栓塞的唯一或首发症状;④烦躁不安、惊恐甚至濒死感;⑤咯血，常为小量咯血，大咯血少见;⑥咳嗽、心悸等。各病例可出现以上症状的不同组合。临床上有时出现所谓“三联征”，即同时出现呼吸困难、胸痛及略血。