先天性转结肠是一种综合症，会伴有其它的畸形，大多会伴有直肠肛门的畸形以及内瘘的形成。所以先天性短结肠的治疗方法即是手术，不手术有可能患儿就会出现肠梗阻，甚至结肠破裂、腹膜炎等等一些严重的并发症，最后会导致患儿出现死亡。
所以先天性短结肠的患儿应及时去医院就诊，如果症状偏重的，应分秒必争，进行急诊手术治疗。如果症状相对偏轻的，可等患儿做一些相对完善的术前准备，比如胃肠减压、补充纠正水电解质失衡、预防性使用抗生素等等，病情稳定以后再行手术治疗。