骨髓穿刺主要用于检查某些系统的疾病，如诊断造血系统或非造血系统的疾病，这类疾病大多数具有一些特征性细胞的形态学改变。骨髓穿刺检查对这类疾病具有决定性的诊断作用，如各类恶性组织细胞病、骨转移癌、多发性骨随瘤、白血病及再生障碍型贫血，典型的缺铁性贫血等。
此外，骨髓穿刺也可以用来发现某些特殊的细胞，如某些寄生虫、霍奇金病等。最后，骨髓穿刺可以用来检查以骨髓造血功能为主要改变的造血系统疾病。
骨髓检查结果，需要结合其它临床资料分析后才能进行诊断。