胃功能三项检查常常并不能提示有胃癌的发生，但是可以帮助发现一些胃癌的癌前期病变。
比如当慢性萎缩性胃炎伴有肠上皮化生的时候，在做胃功能三项检查的时候，就可以发现胃所分泌的胃蛋白酶原一和胃蛋白酶原二的数值和比值会发生变化。
而慢性萎缩性胃炎伴有肠上皮化生，属于一种常见的癌前期病变，这种癌前期病变如果不能够给予积极治疗任其发展，是有可能发展成胃癌的。所以，做胃功能三项的检查会就胃癌发生的风险提出一些启示，提醒病人和医生对这种癌前期病变给予积极治疗。