睾丸发育不良需要完善体格检查、实验室检查、影像学等检查，了解睾丸发育不良的病因，再对症治疗。
睾丸发育不良由多方面的因素导致，除了做体格检查外，还要做染色体检测、基因检测、激素水平测定，判断睾丸发育不良是否与体内的促性激素水平有关。做B超观察睾丸的大小，必要时需做CT检查。明确体内激素水平不足引起，可给予激素治疗，定期复查激素水平。
精索静脉曲张、垂体瘤引起的睾丸异常，可以通过运用手术治疗，再辅助药物治疗，大多数可以促进睾丸继续发育。如果是染色体异常、克氏综合征引起，很难得到有效治疗。