鼠疫可以被高温杀死。鼠疫杆菌经过煮沸后1到2分钟就可以杀灭，35摄氏度15分钟就可以被杀灭，日光照射4到5小时就可以被杀灭。所以对鼠疫患者的脓液、痰液及各种分泌物、排泄物可以通过高温的方法来灭菌。
除了高温和日光照射以外，甲酚、苯酚、升汞也可以使痰中的鼠疫耶尔森菌灭活。对于患者的隔离外，还应在患者的病区内做到无鼠、无蚤。患者需仔细灭蚤，淋浴后方可收入病房。
肺鼠疫患者要单病室隔离，隔离至症状消失，每3日进行1次血液或局部分泌物培养，3次阴性方可出院。