咽麻痹具体的临床症状，与麻痹的咽喉具体部位有关系。
如果是双侧的咽喉软腭发生了麻痹，通常主要会导致患者出现鼻咽部位的异常，例如鼻咽不能完全闭合、说话的时候鼻音明显的情况。部分患者在吃流质状的食物时，还有可能会出现饮食反流进入鼻腔的现象。
如果患者是咽肌麻痹，则会表现出明显的吞咽功能受到影响，例如在进食的时候表现有明显的困难或者阻塞感。且会感觉到食物长时间的停留在咽喉部位，不能正常的下咽进入食道，同时有大量的食物或者唾液等滞留在咽喉处的情况出现。