汉坦病毒肺综合征是重症的感染性疾病，患者的死亡率较高，预后不良。因目前无特效的抗病毒药物治疗，对于早期患者可以适用利巴韦林抗感染治疗，对于患者进入心肺期以后目前无特效的抗病毒药物。
如果患者合并了细菌感染，还可以使用广谱的抗生素抗感染治疗。对于此类患者多以支持对症处理为主，例如予以氧疗、呼吸支持。部分患者可以出现呼吸衰竭、严重的低氧血症。此时多需要予以呼吸机的辅助呼吸治疗，通过氧疗和呼吸机支持治疗，部分患者可以改善其临床症状，要积极防治其休克以及相应并发症的形成，特别是肝功能损害等。
目前，此种疾病无特征性的治疗，通过上述对症处理，疾病还可能有逆转的机会。