肠胃炎低烧有可能会自愈。该疾病治疗的关键是积极治疗原发疾病，也就是治疗患者的肠胃炎症状，需要给患者使用胃肠黏膜保护药物。
如果C-反应蛋白增高，并且大便当中有大量白细胞，需要合理使用广谱抗生素治疗。必要时需要做细菌培养，以及药物的敏感试验，根据检查结果合理使用抗生素治疗，可以避免肠胃炎症状加重。
使用抗生素治疗的疗程，需要根据患者的疾病严重程度以及个人情况使用，不能自行减少或者延长抗生素的使用时间，同时也要清淡饮食。