根据主要的临床症状、查体、实验室检查、组织学检查、影像学检查等手段。诊断泌尿生殖系棘球蚴病不难。
如果在脓腔中，找到泌尿生殖系棘球蚴，这是最直接的证据，可以明确诊断。
此外，血常规检查发现白细胞及中性粒细胞一般正常，嗜酸性粒细胞增多。尿沉渣检查发现尿中有白色粉皮样碎片，或者显微镜下发现棘球蚴原节头，可以明确诊断。影像学检查主要是观察所累及脏器的损伤情况，肾脏有多发囊性的改变，显示呈蜂窝状的排列分隔，膀胱壁可有边界清晰的囊性占位。