大部分肠瘘病人都会比较痛苦。首先，肠瘘病人会出现相应的腹痛以及感染症状，患者无法进食的同时，还会伴有发热等全身症状。
其次，一些肠道病人会出现消化液的大量丧失，特别是近端消化道肠瘘病人，比如十二指肠、空肠。由于丧失的都是消化液所以会导致瘘口周围的皮肤出现糜烂，而且也会导致患者营养吸收障碍，也会造成水电解质以及酸碱平衡紊乱，严重的会导致恶液质。
即使远端结肠的患者，由于局部时不时会有粪便流出，会严重影响患者生活与工作，给患者身体以及心理上都会造成很大的影响。