创伤性溃疡和口腔溃疡的区别在于病因、临床表现、好发部位、全身状况，还有自限性等等方面。创伤性溃疡是局部机械性、化学性和冷热刺激等引起。而复发性阿弗他溃疡的病因和发病机制都不太明确。
两者在临床表现上也有明显的不同，创伤性溃疡边缘可以隆起，边缘的形态与损伤因素相契合。好发于唇颊、舌、颊脂垫等部位。而阿弗他溃疡好发于口腔的任何部位，其中重型的溃疡多见于口腔后部。一般创伤性的溃疡，没有全身的疾病。复发性阿弗他溃疡可伴有全身疾病。
创伤性溃疡，在去除了外部的刺激之后，一般都可以自愈。但是阿弗他溃疡，不需要去除外部的刺激，它有一定的自限性，一般在7到14天也可以自愈。