无痛胃肠镜是给予患者全麻药物，使患者在意识消失、痛觉消失的全麻状态下，进行胃肠镜检查和治疗。因此，无痛胃肠镜是在全麻下进行的。
在全麻前，患者需要禁食水。进入手术室后进行鼻导管吸氧和生命体征的监护，如血压、心电和脉搏血氧饱和度等。
患者建立静脉通路后，麻醉医生经静脉给予患者全麻药物，患者入睡，保留自主呼吸，此时进行胃肠镜的检查和治疗。术中继续给予麻醉药物，维持患者的全麻状态。检查或治疗完毕后，停止输注麻醉药物，患者可在10~20分钟左右清醒。