当直肠炎患者在使用药物治疗无果以后，会采用手术治疗方案，通过手术来切除消化道受损的部位。
采取手术治疗的直肠炎为炎症性肠病所引发的直肠炎，这种类型的直肠炎，会先通过药物治疗来控制直肠内的炎症。直肠炎的形成不止只有一种，由细菌感染而引发的直肠炎，会采取使用抗生素和抗病毒药物，来控制并消灭细菌。
直肠炎患者不及时治疗，会出现贫血和直肠内壁产生开放性的溃疡。直肠炎的发生，不仅和患者情绪、工作压力和遗传有关，还和患者不健康的性接触有关。