如果患者脑炎正在发病，不建议注射新冠疫苗。
注射新冠疫苗主要是人体产生免疫应答，当人体的免疫功能启动，会对外来的物质产生识别，并产生抗体的过程。脑炎主要是由于病毒、细菌、结核、真菌等感染素引起的，当本病发病的时候，人体的免疫能力是低下的，这时候如果注射新冠状病毒疫苗，很有可能不能使肌体产生抗体，而达不到注射的目的。
其次，当脑炎发病的时候会伴有发热，全身无力等症状，而注射新冠疫苗也有可能出现发热等，很难辨别是药物引起的，还是脑炎引起的，为治疗带来困难。