脑脓肿的治疗分为药物治疗和手术治疗。
药物治疗一般的自私治疗效果比较差的，病情比较严重的是需要尽早的进行手术治疗。 在药物治疗里面有抗生素的应用，抗生素的选择，还有脱水药物的应用，在必要的时候为了减轻一些炎症的水肿可以考虑使用一些激素。还需要注意营养和维生素的补充，注意水电解质酸碱平衡的调整，全身比较差的还需要输血或者血浆来改善全身症状。
手术治疗就包括了脑脓肿的穿刺术，还有快速的转脑脓肿穿刺术，脑脓肿的导管持续引流术以及脑脓肿切除术。