甲型流感早期主要是普通感冒的症状，表现为鼻塞、流涕、打喷嚏。起病急，很快即可出现发烧症状，数小时即可达到38°C，并且伴有咽喉痛、咳嗽、头疼、四肢乏力等。也可以出现消化道的症状，比如恶心、腹胀、食欲不振等。
甲型流感病毒传染性很大，并且比较迅速，常常是集体发病，病程在7~10天左右。可以通过抗病毒药物奥司他韦及对症治疗，病情逐渐恢复。
如果病情加重可能会有全身中毒症状，引起低氧血症、呼吸衰竭或全身器官衰竭，严重威胁人的生命。