肛周脓肿当然可以选择手术治疗，手术治疗也是肛周脓肿最佳的治疗方法，绝大多数的肛周脓肿都需要通过手术治疗才能完全治愈。肛周脓肿的手术方式，主要有以下几种：
第一，切开引流术。是最简单的手术方式，只要将脓腔切开，并保证脓液引流通畅，手术创伤小，术后恢复快，但大多数会发展成为肛瘘，需要二次手术。
第二，肛周脓肿一次性根治术。在将脓腔切开引流的同时将内口切开，可以避免术后发展成为肛瘘，但手术创伤相比较切开引流术要大，术后恢复也相对偏慢。
第三，肛周脓肿切开挂线术，一般适用于高位肛周脓肿的治疗。