细菌性肝脓肿如果合并有皮肤黏膜感染的时候，可以应用碘伏外用处理伤口，但是不可能用于肝脓肿的消毒处理。碘伏可以杀灭大部分皮肤表面和黏膜表面的细菌、原虫、真菌和部分病毒。一般用于皮肤黏膜的创伤消毒，也用于各种穿刺、手术操作前的皮肤黏膜消毒，但是不可以用于腹腔内部脏器的消毒。
细菌性肝脓肿的治疗，首先是要应用敏感抗生素治疗。待脓肿液化后，在超声引导下做脓液的穿刺引流。如果不适合做经皮肝穿的病人，可以考虑手术治疗引流脓液。
同时还要注意处理肝脓肿的易感因素，治疗病人免疫力低下的基础疾病，如糖尿病等。处理胆石症，解除胆系梗阻等，同时加强支持治疗，改善病人的一般情况，增强机体免疫力。