原因到目前为止尚不是十分的清楚，各种致病原因均可以引起，例如引起的胚胎发育的异常，即可以导致尿道融合的异常，产生尿道下裂，尤其是在先兆流产，早产低体重儿当中，尿道下裂的发病率较高，原因就是可能与胚胎未发育完全，就生产有很大的关系。尿道下裂也有一定的遗传因素，临床上发现大约20%左右的尿道下裂的患儿，均具有家族遗传类似的疾病，而且激素和环境对胚胎的发育也有一定影响，也可以导致尿道下裂的发生，还有就是母亲在怀孕期间接触了异常的激素或者一些放射线，可以导致发育畸形而出现尿道下裂，以至于出现一些并发症。