半夜头疼疼醒，可能是由于一些严重的器质性脑部病变所造成的，比如脑出血、蛛网膜下腔出血。这两种急性的脑血管病会引起剧烈的头痛，同时还可能会伴随有意识障碍、恶心、呕吐、肢体乏力等症状。
因此，当患者突然出现半夜剧烈头疼时，需要及时地去医院就诊，通过头颅CT排除颅内的器质性病变，从而能够及时地给予针对性的治疗。
除了急性的脑血管病之外，一些功能性的头痛也有可能造成患者半夜头疼疼醒，比如偏头痛、丛集性头痛等。这些功能性头痛也是造成患者半夜头疼的常见原因，这类患者可服用一些非甾体消炎止痛药缓解头疼。