食管异位组织的风险主要包括以下几个方面：
一、会出现吞咽困难，伴有反胃等症状，而如果没有加以控制，还可能会造成吸入性呼吸困难，甚至还可能形成吸入性肺炎，所以是比较严重的。这类症状主要出现在儿童身上，但是也需要注意和其它的疾病鉴别。
二、除了这些常见的并发症之外，可能也会出现一些罕见的症状，譬如甲状腺组织受损，又或者胰腺组织受损等等。食管异位组织为什么会出现，这主要就是胚胎前期发育所引起，在气管和食管分离的过程中，因为存有粘液才会导致此类的疾病。