先天性肛门闭锁在进行产检时有可能发现，进行四维彩超检查时，如果胎儿位置适当，可以发现肛门闭锁的情况。但是并不绝对，因为产检进行四维彩超检查受很多因素的影响，肛门位置并不一定典型，因此，就有可能造成产检时发现不了。
因此，建议在怀孕过程中，一定要定期进行产检，而且要到正规的专科医院进行检查。如果对某些结果存在疑问，可以进行复检，这样才能够有效地发现相关异常，及时地进行处理。
但是应当认识到，由于当下技术条件的限制，并不是所有的疾病都能够明确诊断。