肛门疼痛可能是肛裂的症状。肛裂是因干结致硬的大便，通过肛管时将肛管下端的皮肤撕裂，从而形成小的梭形溃疡。
肛裂初起时裂口表浅、色红，周围组织血运丰富，仅在排便的时候有疼痛感及出血，排便结束后疼痛立即消失，出血也会停止。
如果新鲜肛裂长期未愈合，随着病情进展，裂口变深、色白、周围组织血运差，形成了慢性溃疡和陈旧性的瘢痕。每次排便时因粪便对肛门括约肌的刺激，导致肛门括约肌痉挛而出现周期性疼痛。因这种疼痛持续时间长，疼痛程度重，患者会感到非常痛苦，需要及时进行手术治疗。