关节镜系统中的光学系统、动力系统、摄像系统的主机部分，需要进行日常的清洁和定期的表面消毒。其他直接接触手术台、无菌区、病人手术局部的部分，比如关节镜镜头、摄像头的接驳器及导线、冷光源的光导纤维、动力系统的刨削器、手柄、电缆线等，可以采用环氧乙烷灭菌法消毒，紧急情况下可以使用戊二醛浸泡消毒。
目前大部分医院都引进了低温消毒设备，可以对关节镜设备进行快速有效的消毒灭菌，缩短了消毒灭菌的时间，对关节镜没有任何的损害，有效地保护了手术设备。