男性排尿分叉的原因有很多。例如，如果在尿道外口有粘连，比如包皮过长的病人经常引起这种情况，排尿就会分叉。在这种情况下，只要包皮翻开，龟头冠状沟和尿道口用水冲洗，分叉就可以治愈。
另外一种原因，可能是尿道发炎。尿道发炎导致尿道粘膜水肿，因此在男性中会导致排尿分叉出现。其次是男性最常见的排尿分叉原因，如果伴有尿频、排尿困难的症状，这是慢性前列腺炎患者最常见的情况。
前列腺炎患者尿道口滴白，尿道口会有分泌物，分泌物阻塞尿道口，会导致尿路分叉。另外还见于尿道口的囊肿，尿道纵隔等疾病，也会引起尿分叉的出现。