小便分叉的原因主要为以下两类：
一类为生理性原因。如果是短暂性的或偶尔出现小便分叉，多考虑可能是由于尿道开口部位，或尿道内临时出现了阻塞的情况。比如整晚没有排尿，导致较多的尿液在膀胱内积存，致使膀胱内部压力增大。当晨起排尿时尿液排出力量增大，便会使尿道口形态出现暂时性的改变而引起小便分叉，属于正常现象，无需进行特殊处理。
另一类为病理性原因。如果是长期存在小便分叉，则可能与一些疾病有关，比如急性前列腺炎、急性尿道炎，由于尿道充血、肿胀，致使尿道狭窄而出现小便分叉现象。