喝酒后第二天低烧的原因要具体分析和判断，有可能因喝酒后导致机体免疫力或抵抗力短暂下降，同时又未注意保暖而受到风寒外邪侵袭。此时可能导致患上感冒，部分患者因有感冒而有低烧。
部分患者酒后第二天低烧，可能是因为酒精刺激咽喉部导致急性扁桃体炎。此时需要行血常规以及咽喉部检查明确诊断。部分喝醉酒的患者第二天出现低烧时，要注意排外是否有吸入性肺炎，此类患者有可能在醉酒后出现呛咳或者误吸而引起肺炎，多需要进一步行血常规、胸部X线或CT等检查。
有少数患者出现喝酒后第二天低烧，可能是因继发急性胃肠炎引起的。此时需要根据症状，以及大便常规等明确诊断。