半夜醒来头疼，通常是由于颈椎病和高血压所引起来的。
颈椎病患者在夜间睡眠的时候，由于体位不当，可导致椎体间走行的神经受到压迫，或者由于向大脑供血的血管受到压迫，而导致脑供血不足，这些原因都可以引起半夜醒来头疼。所以对于颈椎病的患者，建议夜间睡眠时，可采取低枕平卧位。
高血压患者在血压控制得不够稳定的时候，夜间也会出现醒来头疼，甚至会由于头疼，而导致睡眠质量下降。可以通过改善生活方式和口服降压药物，维持血压的稳定。此外，脑血管疾病也会引起类似症状，应该进一步检查。