先天性胆道闭锁的发病机制尚未完全明确，目前临床上主要有两种学说，大体内容如下：
1.先天性发育畸形学说，该学说认为患儿在胚胎期2~3个月时出现发育障碍，出现胆管无空泡化或空泡化不完全等情况，会造成胆道全部或部分闭锁。
2.病毒感染学说，该学说认为胚胎在后期或出生早期被病毒感染，引起胆管上皮损伤、胆管周围炎症以及纤维性病变等，从而引起胆道部分或完全闭锁。该病是发生于新生儿期一种少见的严重黄疸性疾病，病变可累及整个胆管，亦可仅累及肝内或肝外的部分胆管。其中以肝外胆管闭锁常见，占85%~90%，女性多于男性。