一般肝脓肿是无法自愈的。肝脓肿由于感染因素引起的疾病，比如常见的胆道逆行性感染、肝脏移植等，这些因素会使得病原菌、细菌在病灶部位繁殖，最终引起肝脓肿。
根据引起肝脓肿的原因，治疗的时候首先要查明引起肝脓肿的病原菌，然后根据药敏试验，使用相应药物进行治疗。同时，在治疗期间还需要给予营养支持治疗，主要原因是肝脓肿会引起全身发热，会消耗大量的能量，所以需要补充足够的营养。
对于部分患者，由于症状反复发作，则需要根据实际情况选择手术，将脓肿切除。