单纯疱疹性脑炎一般难以治疗痊愈。如果是病情比较轻微的患者，通过积极的抗病毒治疗，以及脱水、降颅压治疗，可能会达到临床治愈。如果患者不注重日常护理，还存在复发的可能性。
如果是严重的患者，往往会伴随意识障碍以及呼吸循环衰竭等严重症状，即使能及时治疗，预后效果也较差。可能会遗留精神障碍、言语能力丧失、半身不遂等后遗症。如果患者没能及时就诊，耽误了治疗，则可能会诱发脑疝，危及生命。
因此，针对单纯疱疹性脑炎应重视做好预防，不要直接接触单纯疱疹患者。皮肤黏膜、口唇等部位出现疱疹时，应及时就诊治疗。