女性尿道囊肿的症状是排尿频率增多，由于囊肿对尿道的刺激所致。较大的囊肿对尿道压迫，造成排尿困难，可导致小便时间延长、排尿费力，还可发生急性尿潴留。囊肿伴随感染可导致尿痛、尿频等症状加重。
由于女性的尿道和阴道口位置邻近，伴随感染的尿道囊肿也可表现为白带性状异常，伴随外阴部位的瘙痒、疼痛等不适感觉，是致病菌入侵阴道导致相关症状的临床表现。
临床直观查看尿道口，必要时辅助泌尿道彩超、泌尿道造影等检查，明确尿道囊肿和大小以及位置。