女性尿道口囊肿手术的流程是：
第一步，需要放置金属导尿管，避免术中以及术后尿液对切口创面的污染，降低感染的发生概率。
第二步，将粘膜切开。
第三步，分离囊肿壁，必须完全游离后再切出，避免切除不干净导致囊肿复发。
第四步，间断缝合囊腔，并且将粘膜一并缝合，手术完成后，再次碘伏局部消毒处理。
女性尿道口囊肿容易受到小便以及经血污染、性生活摩擦刺激容易导致破皮，有可能伴随感染。一旦是伴随感染的情况下，需要抗生素控制炎症后，再安排囊肿手术切除。